Schutzgebiete an der Ilz
Die Gebiete mit urwüchsiger Natur und hoher Artenvielfalt gehören zu den europaweit schützenswerten Landschaften. Die Ilz, ihre Auen und auch die zum Teil steil einfallenden Hänge, gehören dazu. Neben dem reinen Artenschutz ist auch der Erhalt wichtiger Baudenkmäler Zweck solcher Unterschutzstellungen.
Die Ilz war lange Zeit die natürliche Grenze zwischen dem Königreich Bayern und dem Fürstbistum Passau. Zahlreiche Wehrbauten wurden sowohl von den weltlichen als auch den kirchlichen Herrschern errichtet und sind noch heute zu sehen.
Hoch über der Mündung der Wolfsteiner Ohe trohnt das Schloss Fürsteneck, das der Pandurenoberst Trenck auf seinem alles vernichtenden Feldzug nicht bemerkte, und deshalb auch nicht zerstören konnte.
Naturschutzgebiet "Halser Ilzschleifen"
Der sogenannte "Halser Nebenpfahl" ist ebenso, wie sein großer Bruder bei Viechtach, eine sehr alte Bruchlinie, an der vor mehr als 330 Milllionen Jahren Erdbewegungen stattfanden und verläuft parallel zum großen Pfahl, etwa von Aicha v. Wald nach Hals.
Durch Hebungen und Senkungen entlang dieser Bruchlinie entstandenen auch hier die typischen Pfahlschiefer (Mylonite). Auf ihrem Weg durch Terziäre Ablagerungen stieß die Ilz schließlich auf den Pfahlschiefer und grub sich tief in einer Doppelschleife in den Fels.
Der Felsen der Ruine Hals ist Lebensraum für viele wärmeliebende Arten. In den Spalten und Ritzen finden Mauereidechsen und Schlingnatter ideale Lebensbedingungen. Streifenfarn, Zimbelkraut und Mauerpfeffer sind Arten aus dem Pflanzenreich.
Daneben zeugen aber auch Pflanzen wie Flieder oder Efeu, von der menschlichen Besiedelung des Burgberges. Damit der Felsen nicht verbuscht oder zuwächst, werden im Zuge von Pflegemaßmahmen immer wieder Sträucher und Bäume entfernt.
Naturschutzgebiet "Obere Ilz"
Das nördliche Ilzal, in weiten Bereichen als schmales Kerbsohlental ausgebildet, wurde 1997 aufgrund seines Charakters als naturnahes Grundgebirgsfließgewässer, mit seinen Hangleiten und Auen unter Natrurschutz gestellt.
Seltene Arten, wie der Straußfarn oder die Banater Segge, zieren auf weiter Länge den Ufersaum, auch der Blaue Eisenhut oder Großblättrige Fingerhut sind im Bereich der Ilz zu finden. In den letzten 20 Jahren werden diese seltenen Pflanzenarten aber immer mehr von Neophyten zurückgedrängt.
In den Feucht- und Nass- wiesen der Talauen sind, sofern sie nicht mit Fichte aufgeforstet wurden, auch noch Bestände der Sibirische Schwertlilie vorhanden.
In den Hängen der Ilzleiten ist der Schwarzstorch neben vielen anderen Arten als Brutvogel vertreten.